健康福祉部では、若年層から高齢者までの健康づくりを一体的に進めるため、現在の社会部長寿福祉課と衛生部健康づくり支援課を統合して「健康長寿課」とするなど、両部合わせて１局１０課２室を８課４室に再編する。
２０１２年に県内で初開催する「技能五輪全国大会」と「全国障害者技能競技大会」（アビリンピック）に備え、商工労働部に「技能五輪・アビリンピック室」を設置。県と市町村の税関係事務の共同化に向け、総務部に「地方税共同化準備室」を設ける。
県職員の給与や旅費の支給事務を担当する各地方事務所の総務事務センターは廃止し、総務部総務事務課に集約。松代（長野市）、小諸（小諸市）の両キャンパスで１年ずつ学ぶ県農業大学校の総合農学科は松代キャンパスに集約する。